StereoStereomikroskope haben zwei getrennte Strahlengänge für jedes Auge, die aus leicht verschiedenen Blickwinkeln auf die Probe schauen. Dadurch entsteht im Gehirn der sogenannte "Stereo-Effekt", bei dem ein räumlicher Bildeindruck entsteht. Normalerweise werden mit Stereomikroskopen Vergrößerungen bis ca. 100x erreicht, einige High-End Geräte erreichen allerdings auch noch höhere Vergrößerungen.
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